私の理解ですが、
https://github.com/docker/swarm
を見るに、
  • Docker Swarm standalone
  • Docker の Swarm mode すなわち Swarmkit: Docker Engine 1.12 以降に入ったクラスターモード
ということのようです。そして、Docker のおススメは、新しいDockerを使って、Swarm mode を使おう、とのこと。 https://github.com/moby/moby/blob/master/CHANGELOG.md
によると、1.12 は 2016-07-28 にリリースされているようですが、
その後も Swarmkit (Swarm mode) は結構更新されているような感じがします。

Docker Swarm はもともと、複数立てられた Docker 群に対して外部から操作するツールとして動作し、containerたちを管理します。
(http://knowledge.sakura.ad.jp/knowledge/5197/ も参考)
一方で、Swarmkit (Swarm mode) はDocker Engine自体に組み込まれて、複数のDocker群がclusterとしてcontainerを管理できるようになった、ということのようです。

まあ詳しいことは、
Docker Swarm https://docs.docker.com/swarm/overview/

Swarm mode https://docs.docker.com/engine/swarm/#feature-highlights
を読んでね。ということです。
ああ、、知識が古い。。。